南京大学的院系设置非常丰富，涵盖了从人文科学到自然科学的多个领域。
新生学院：负责新生的入学教育和相关事务。
文学院、历史学院、哲学系（宗教学系）、新闻传播学院、法学院、商学院（包括经济学院和管理学院）、外国语学院（设有英语系、俄语系、日语系、德语系、法语系、西班牙语系、朝鲜语系）、政府管理学院、国际关系学院、信息管理学院、社会学院、数学系。
物理学院、天文与空间科学学院、化学化工学院、计算机科学与技术系、软件学院、人工智能学院、电子科学与工程学院（示范性微电子学院）、现代工程与应用科学学院、环境学院、地球科学与工程学院、地理与海洋科学学院、大气科学学院、生命科学学院、医学院、工程管理学院、匡亚明学院、海外教育学院、建筑与城市规划学院、马克思主义学院、艺术学院。
南京大学还设有多个实验班和特色教学机构，如工业工程与运营管理系、控制科学与智能工程系、复杂工程管理系、金融科技与工程系等，以及博士后科研流动站和多个学术学位授权点，包括一级学科博士学术学位授权点和二级学科硕士学术学位授权点等。
这些院系和专业的设置，体现了南京大学在多个学科领域的深厚学术积淀和广泛的教育资源，为学生提供了多样化的学习和研究机会。
