学校生理学为国家重点学科，临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点，骨科学为国家临床重点专科；另有10个省级重点学科、3个省重点实验室、7个省级品牌专业。七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。
山西医科大学学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 社会工作 | 030302 | |
| 运动康复 | 040206T | B |
| 英语 | 050201 | B |
| 生物制药 | 083002T | B |
| 基础医学 | 100101K | |
| 临床医学 | 100201K | B |
| 麻醉学 | 100202TK | B |
| 医学影像学 | 100203TK | B |
| 精神医学 | 100205TK | B |
| 儿科学 | 100207TK | B |
| 口腔医学 | 100301K | B |
| 预防医学 | 100401K | B |
| 药学 | 100701 | B |
| 药物制剂 | 100702 | B |
| 临床药学 | 100703TK | |
| 中药学 | 100801 | B |
| 法医学 | 100901K | B |
| 医学检验技术 | 101001 | B |
| 医学实验技术 | 101002 | |
| 医学影像技术 | 101003 | B+ |
| 眼视光学 | 101004 | B |
| 康复治疗学 | 101005 | B |
| 卫生检验与检疫 | 101007 | B |
| 护理学 | 101101 | B+ |
| 助产学 | 101102T | B+ |
| 信息管理与信息系统 | 120102 | |
| 公共事业管理 | 120401 | B |
| 劳动与社会保障 | 120403 | |
| 健康服务与管理 | 120410T | B+ |
