设有临床医学、临床医学（生殖医学）、临床医学（妇幼卫生）、预防医学（营养与食品卫生）、应用心理学（医学心理学）、生物医学工程、市场营销（医药营销）公共事业管理（卫生事业管理）、药学、药学（临床药学）药物制剂、医学检验、医学检验（临床输血）医学影像学、护理学、护理学（英语护理）等１６个本科专业及专业方向，以及临床医学、医学营养、药学、医学检验技术、医学影像技术、医学生物技术、护理学、口腔医学等８个专科专业，涵盖医学、理学、管理学等学科门类。现有吉林拾十一五”重点学科２个，国家高等学校特色专业建设点１个，省高等学校特色专业建设点２个。
吉林医药学院学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 生物技术 | 071002 | |
| 应用心理学 | 071102 | B |
| 医学信息工程 | 080711T | |
| 生物医学工程 | 082601 | |
| 食品质量与安全 | 082702 | |
| 生物制药 | 083002T | |
| 临床医学 | 100201K | |
| 医学影像学 | 100203TK | |
| 预防医学 | 100401K | |
| 药学 | 100701 | |
| 药物制剂 | 100702 | |
| 中药学 | 100801 | |
| 医学检验技术 | 101001 | |
| 医学影像技术 | 101003 | |
| 康复治疗学 | 101005 | |
| 口腔医学技术 | 101006 | |
| 卫生检验与检疫 | 101007 | |
| 护理学 | 101101 | B |
| 信息管理与信息系统 | 120102 | |
| 市场营销 | 120202 | |
| 公共事业管理 | 120401 | |
| 健康服务与管理 | 120410T | B |
| 护理 | 520201 | |
| 临床医学 | 520101K | |
| 口腔医学 | 520102K | |
| 药学 | 520301 | |
| 医学检验技术 | 520501 | |
| 医学影像技术 | 520502 |
