拥有3个国家重点学科（人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床），2个国家重点培育学科（病理学与病理生理学外科学（骨外）），5个国家中医药重点学科（中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学）。拥有10个广东省重点学科，1个教育部工程研究中心，1个教育部工程技术中心建设项目，2个省部共建重点实验室，13个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室。国家重点学科分别布局在3个一级学科，省级重点学科覆盖24个二、三级学科。开设了26个本科专业，其中6个国家特色专业，6个广东省名牌专业。
南方医科大学学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 法学 | 030101K | B |
| 翻译 | 050261 | B |
| 商务英语 | 050262 | B+ |
| 生物技术 | 071002 | A |
| 生物信息学 | 071003 | B |
| 应用心理学 | 071102 | B+ |
| 应用统计学 | 071202 | B+ |
| 生物医学工程 | 082601 | B+ |
| 基础医学 | 100101K | B+ |
| 临床医学 | 100201K | B+ |
| 麻醉学 | 100202TK | B+ |
| 医学影像学 | 100203TK | A |
| 精神医学 | 100205TK | B+ |
| 儿科学 | 100207TK | B+ |
| 口腔医学 | 100301K | B |
| 预防医学 | 100401K | A |
| 中医学 | 100501K | B+ |
| 针灸推拿学 | 100502K | B+ |
| 中西医临床医学 | 100601K | B+ |
| 药学 | 100701 | B+ |
| 临床药学 | 100703TK | B+ |
| 中药学 | 100801 | B+ |
| 法医学 | 100901K | B |
| 医学检验技术 | 101001 | A |
| 康复治疗学 | 101005 | A |
| 护理学 | 101101 | A |
| 助产学 | 101102T | A+ |
| 公共事业管理 | 120401 | A |
| 健康服务与管理 | 120410T | A |
| 生物统计学 | 071204T |
