学校设有13个系，49个专业，其中本科专业17个，专科专业32个，涵盖文学、历史学、法学、教育学、理学、工学、管理学、经济学等8大学科门类，初步形成了学科门类较为齐全、结构合理、特色鲜明，文理工协调发展、教师教育与非教师教育并举的办学格局。拥有省级特色专业1个。
济宁学院学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 经济学 | 020101 | |
| 金融工程 | 020302 | |
| 互联网金融 | 020309T | B |
| 思想政治教育 | 030503 | |
| 学前教育 | 040106 | |
| 小学教育 | 040107 | |
| 体育教育 | 040201 | |
| 汉语言文学 | 050101 | |
| 秘书学 | 050107T | |
| 英语 | 050201 | |
| 商务英语 | 050262 | |
| 网络与新媒体 | 050306T | B |
| 历史学 | 060101 | |
| 数学与应用数学 | 070101 | |
| 物理学 | 070201 | |
| 化学 | 070301 | |
| 应用化学 | 070302 | |
| 心理学 | 071101 | |
| 应用统计学 | 071202 | |
| 机械设计制造及其自动化 | 080202 | |
| 智能制造工程 | 080213T | |
| 材料科学与工程 | 080401 | |
| 高分子材料与工程 | 080407 | |
| 新能源科学与工程 | 080503T | |
| 电气工程及其自动化 | 080601 | |
| 电子信息工程 | 080701 | |
| 计算机科学与技术 | 080901 | |
| 软件工程 | 080902 | |
| 数据科学与大数据技术 | 080910T | |
| 测绘工程 | 081201 | |
| 化学工程与工艺 | 081301 | |
| 食品科学与工程 | 082701 | |
| 酿酒工程 | 082705 | |
| 安全工程 | 082901 | |
| 生物工程 | 083001 | |
| 生物制药 | 083002T | |
| 文化产业管理 | 120210 | |
| 行政管理 | 120402 | |
| 电子商务及法律 | 120802T | |
| 旅游管理与服务教育 | 120904T | B |
| 音乐学 | 130202 | |
| 舞蹈学 | 130205 | |
| 美术学 | 130401 | |
| 视觉传达设计 | 130502 | |
| 数字媒体艺术 | 130508 | |
| 食品生物技术 | 470101 | |
| 药品生物技术 | 470102 | |
| 电子信息工程技术 | 510101 | |
| 心理咨询 | 520804 | |
| 环境艺术设计 | 550106 | |
| 学前教育 | 570102K | |
| 小学教育 | 570103K | |
| 小学语文教育 | 570104K | |
| 小学数学教育 | 570105K | |
| 小学英语教育 | 570106K | |
| 音乐教育 | 570108K | |
| 美术教育 | 570109K | |
| 体育教育 | 570110K | |
| 行政管理 | 590206 |
