现设有船政学院、汽车运用工程系、机械工程系、道路工程系、建筑工程系、管理工程系、交通经济系、安全技术与环境工程系、能源工程系、信息工程系、外语系、公共教学部和成人与继续教育部等13个教学单位。开设了涵盖当今公路、海运等领域技术与管理专业及新兴的经济社会建设急需的63个专业，在校生13000多人。
福建船政交通职业学院学科评估结果
| 专业名称 | 专业代码 | 专业评估 |
|---|---|---|
| 测绘地理信息技术 | 420303 | |
| 环境工程技术 | 420802 | |
| 安全技术与管理 | 420901 | |
| 建筑装饰工程技术 | 440102 | |
| 建筑工程技术 | 440301 | |
| 建设工程管理 | 440502 | |
| 建设工程监理 | 440504 | |
| 市政工程技术 | 440601 | |
| 机电一体化技术 | 460301 | |
| 电气自动化技术 | 460306 | |
| 工业机器人技术 | 460305 | |
| 船舶工程技术 | 460501 | |
| 无人机应用技术 | 460609 | |
| 汽车检测与维修技术 | 500211 | |
| 新能源汽车技术 | 460702 | |
| 国际邮轮乘务管理 | 500304 | |
| 轮机工程技术 | 500303 | |
| 空中乘务 | 500405 | |
| 通用航空器维修 | 500412 | |
| 通用航空航务技术 | 500416 | |
| 城市轨道交通机电技术 | 500603 | |
| 城市轨道交通通信信号技术 | 500604 | |
| 城市轨道交通运营管理 | 500606 | |
| 城市轨道交通工程技术 | 500601 | |
| 汽车智能技术 | 510107 | |
| 计算机应用技术 | 510201 | |
| 计算机网络技术 | 510202 | |
| 软件技术 | 510203 | |
| 应急救援技术 | 420905 | |
| 机械制造及自动化 | 460104 | |
| 汽车制造与试验技术 | 460701 | |
| 道路与桥梁工程技术 | 500201 | |
| 智能工程机械运用技术 | 500203 | |
| 航海技术 | 500301 | |
| 大数据技术 | 510205 | |
| 虚拟现实技术应用 | 510208 | |
| 人工智能技术应用 | 510209 | |
| 大数据与会计 | 530302 | |
| 关务与外贸服务 | 530503 | |
| 市场营销 | 530605 | |
| 电子商务 | 530701 | |
| 现代物流管理 | 530802 |
