1、历年南京医科大学排名【软科版】
| 序号 | 学校名称 | 发布机构 | 发布时间 | 全国排名 |
| 1 | 南京医科大学 | 软科 | 2022 | 医3（54） |
| 2 | 南京医科大学 | 软科 | 2021 | 医3（47） |
| 3 | 南京医科大学 | 软科 | 2020 | 47 |
| 4 | 南京医科大学 | 软科 | 2018 | 55 |
| 5 | 南京医科大学 | 软科 | 2017 | 59 |
2、历年南京医科大学排名【校友会版】
| 序号 | 学校名称 | 发布机构 | 发布时间 | 全国排名 |
| 1 | 南京医科大学 | 校友会 | 2022 | 114 |
| 2 | 南京医科大学 | 校友会 | 2021 | 114 |
| 3 | 南京医科大学 | 校友会 | 2020 | 130 |
| 4 | 南京医科大学 | 校友会 | 2019 | 138 |
| 5 | 南京医科大学 | 校友会 | 2018 | 139 |
| 6 | 南京医科大学 | 校友会 | 2017 | 130 |
| 7 | 南京医科大学 | 校友会 | 2016 | 162 |
| 排名 | 学校名称 | 总得分 | 省市 | 省市序 | 类型 | 类型序 |
| 108 | 南京医科大学 | 45.723 | 江苏 | 15 | 医药 | 4 |
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