安徽有3所大学入选第二轮双一流建设高校，但是没有亳州学院，所以亳州学院不是双一流大学。双一流建设高校共评选了2轮，首批建设高校140所，本次第二轮建设高校147所，其中山西大学、南京医科大学、湘潭大学、华南农业大学、广州医科大学、南方科技大学、上海科技大学为第二轮新入选的7所高校。
| 序号 | 学校 | 双一流建设学科名单 |
| 1 | 中国科学技术大学 | 数学、物理学、化学、天文学、地球物理学、生物学、科学技术史、材料科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、安全科学与工程 |
| 2 | 合肥工业大学 | 管理科学与工程 |
| 3 | 安徽大学 | 材料科学与工程 |
亳州学院（Bozhou University），简称亳院，位于安徽省亳州市，是经国家教育部批准成立的全日制普通本科高等学校。学校始于1909年创办的蒙城师资讲习所，1952年设置蒙城师范学校，2002年3月经国家教育部批准，独立升格为亳州师范高等专科学校。2016年3月，经国家教育部批准，独立升格为亳州学院，5月，亳州学院正式挂牌成立。
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