学校创建于1896年。原名南洋公学，是中国高等教育的多个源头之一；1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学；1955年，学校迁往西安，分为交通大学上海部分和西安部分；1959年两部分独立建制，上海部分启用“上海交通大学”校名；1999年，原上海农学院并入；2005年，与原上海第二医科大学合并。
截学校共有33个学院，直属系，12家附属医院，2个附属医学研究所，23个直属单位，5个直属企业。有本科专业71个。全日制本科生（国内）17460人，有专任教师3512名，其中教授1157名。一级学科博士学位授权点49个，一级学科硕士学位授权点58个，博士专业学位类别8个，硕士专业学位类别32个，38个博士后流动站。获61项高等教育国家级教学成果奖（其中39项为第一完成单位）；国家首批“双创示范基地”，成立学生创新中心，入选首批中美青年创客交流中心。
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