内蒙古医科大学是一所综合性医科大学，下设多个学院和研究所，主要包括以下学院：
1. 基础医学院：包括生理学、病理学、解剖学、药理学等系；2. 临床医学院：包括内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科等系；3. 公共卫生与管理学院：包括预防医学、流行病学、医学统计学、卫生政策与管理等系；4. 药学院：包括药理学、药剂学、药事管理等系；5. 中医学院：包括中医学、针灸推拿学、中西医结合学等系；6. 医学工程与技术学院：包括医学工程、生物医学工程等系；7. 护理学院：包括临床护理、社区护理等系；8. 口腔医学院：包括口腔内科、口腔外科、口腔修复学等系；9. 基础实验医学院：包括病理生理学、病原生物学等系；10. 继续教育学院：主要负责继续教育、继续医学教育等工作。内蒙古医科大学还设有多个研究所和附属医院，如生物医药研究所、人类疫苗工程技术研究中心、内蒙古医科大学附属医院等。
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