南京拥有多所大学的医学院校，提供临床专业教育，以下是部分设有临床专业的南京高校：
南京医科大学
设有临床医学、口腔医学、公共卫生等专业。
临床医学专业评价较高。
东南大学医学院
包含基础医学系和临床医学系，提供内科学、外科学、妇产科学等专业。
南京中医药大学
开设有临床医学专业，教学质量、办学条件、师资力量和口碑良好。
中国药科大学
虽然以药学为特色，但也提供临床医学专业。
南京大学医学院
设有临床医学（八年制）、基础医学（七年制）和口腔医学（七年制）等专业。
临床医学学科进入全球排名前1%。
江苏卫生健康职业学院
提供相关专业教育，包括临床医学。
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南京中医药大学学校特色
南京中医药大学特色专业
| 专业名称 | 层次 | 学制 | 软科评级 | 是否国家级一流本科专业 |
|---|---|---|---|---|
| 中医学 | 本科(普通) | 五年 | A | 是 |
| 中药学 | 本科(普通) | 四年 | A | 是 |
| 护理学 | 本科(普通) | 四年 | A | 是 |
| 中医养生学 | 本科(普通) | 五年 | 否 | |
| 临床医学 | 本科(普通) | 五年 | B | 否 |
| 康复治疗学 | 本科(普通) | 四年 | A | 是 |
| 中药制药 | 本科(普通) | 四年 | A+ | 否 |
| 药物制剂 | 本科(普通) | 四年 | A | 否 |
| 药事管理 | 本科(普通) | 四年 | B | 否 |
| 信息管理与信息系统 | 本科(普通) | 四年 | B | 否 |
